拼音真的能覆盖所有汉字吗?

关于标题的问题，想问虚心求教各位学习语言学的大佬。或者换一种问法：拼音真的能覆盖所有的汉字吗？为什么有这么多的同音字，这是拼音带来的弊端还是汉语本身就是如此？为什么不对易混淆的常用同音字加以区分？类似“再, 在””得,的,地”